Το Εργαστήριο AeGIS Athena άρχισε να λειτουργεί το 2020, ως συνέχεια της μακρόχρονης ενασχόλησης του Παραρτήματος του ΙΕΛ στην Ξάνθη με την αξιοποίηση της τεχνολογίας Geographic Information Systems (GIS) στην καταγραφή αρχαιολογικών δεδομένων. Αυτό περιλαμβάνει διάφορες τεχνικές, όπως η αρχαιολογική χαρτογράφηση, οι γεωχωρικές βάσεις δεδομένων, η φωτογραμμετρία και η αρχαιομετρία. Το εργαστήριο επιδιώκει να παράσχει σε αρχαιολόγους, ιστορικούς και άλλους επαγγελματίες της πολιτιστικής κληρονομιάς ολοκληρωμένα εργαλεία για την τεκμηρίωση υψηλής ανάλυσης και χαρτογράφηση, καθώς υπηρεσίες ανάλυσης αρχαιολογικών χώρων και τοπίων με τεχνολογίες GIS. Επιπλέον, στοχεύει στη διερεύνηση των σημαντικών δυνατοτήτων των εφαρμογών GIS για την αντιμετώπιση συγκεκριμένων αρχαιολογικών προκλήσεων μέσω καινοτόμων προσεγγίσεων. Τέλος, το εργαστήριο λειτουργεί ως κόμβος για τη μελέτη των πολιτιστικών τοπίων και της αλληλεπίδρασης του ανθρώπου με το περιβάλλον του.